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5. Préambule
Table des matières
1. Remerciements
2. Résumé
3. Summary
4. Publications principales
5. Préambule
Table des matières
Liste des figures
Liste des tableaux
6. Abréviations utilisées
7. Les récepteurs nicotiniques neuronaux de l'acétylcholine
7.1 Génétique et biologie moléculaire des sous-unités du nAChR
7.2 Structure quaternaire et pharmacologie des nAChRs
7.3 Distribution du nAChR et régulation de l'expression des sous-unités
7.3.1
ARN
messager codant pour les sous-unités
7.3.2 Sous-unité protéique
7.3.3 Sites de liaison fonctionnels
7.3.4 Récepteurs identifiés
7.3.5 Régulation de l'expression
7.4 Physiologie des nAChRs
7.5 Implication des nAChRs en comportement et pathologie
7.6 Conclusion
8. The Ligand Gated Ion Channel Database
8.1 Les différentes superfamilles de
LGIC
8.2 Structure de la banque de données
9. Histoire évolutive des sous-unités du nAChR
9.1 Le nAChR dans le règne animal
9.2 Matériel et méthodes
9.2.1 Alignements des séquences
9.2.2 Analyses des séquences
9.2.3 Analyse de la structure des gènes
9.2.4 Détermination des dates de divergence
9.3 Résultats
9.3.1 Analyses de séquences
9.3.2 Évolution de la structure des gènes
9.3.3 Évolution de la st
chiométrie
9.3.4 Arguments pharmacologiques en faveur de la monophylie de la sous-famille des nAChRs neuronaux insensibles à l'
-bgt
9.4 Discussion
9.4.1 Hypothétiques gènes manquants
9.4.2 Histoire reconstituée de la famille des sous-unités du nAChR
9.4.3 Diversification de la sous-famille des sous-unités de récepteurs neuronaux hétéro-oligomériques chez les vertébrés, et accroissement de la complexité des systèmes cholinergiques
9.5 Conclusion
9.6 Glossaires des termes de phylogénie employés dans le chapitre
10. Structure secondaire de la sous-unité du nAChR
10.1 État des connaissances sur la structure moléculaire des
LGIC
10.1.1 Stratégie
10.2 Matériel et méthodes
10.2.1 Alignements utilisés
10.2.2 Prédiction de structure secondaire par consensus
10.2.3 Programmes de prédiction de structure secondaire
10.2.4 Accessibilité au solvant et topologie
10.2.5 Index de conservation
10.3 Résultats
10.3.1 Cohérence des résultats selon les méthodes et selon les séquences utilisées
10.3.2 Prédiction de structure secondaire brute
10.3.3 Prédiction de structure secondaire affinée
10.3.4 Représentation 2D du domaine amino-terminal
10.3.5 Les domaines transmembranaire et cytoplasmique
10.4 Discussion
10.4.1 Contenu en hélice-
et brin-
10.4.2 Comparaison avec d'autres prédictions du domaine amino-terminal
10.4.3 Comparaison avec d'autres prédictions des segments transmembranaires
10.4.4 Le site de liaison de l'ACh
10.4.5 Les segments transmembranaires en tant que structure mixte
/
10.4.6 Le domaine cytoplasmique et l'oligomérisation
10.4.7 Structure de la protéine pentamérique
10.5 Conclusion
11. Théorie et pratique en hybridation
in situ
et autoradiographie réceptorielle
11.1 La neuro-anatomie chimique
11.1.1 Homogénat
versus in situ
11.1.2 Différence entre autoradiographie réceptorielle et hybridation
in situ
11.2 Autoradiographie réceptorielle
11.3 Hybridation
in situ
11.3.1 Les différentes méthodes
11.3.2 Les oligonucléotides radio-marqués
11.4 Quantification du signal
11.4.1 Les films autoradiographiques : densité optique
11.4.2 Les émulsions photographiques : numération de grains
11.4.3 Les radio-imagers
12. Localisation des
ARN
messagers codant pour les sous-unités des nAChRs dans le système nerveux
12.1 Introduction
12.2 Matériel et méthodes
12.2.1 Synthèse et marquage des oligo-désoxynucléotides
12.2.2 Animaux
12.2.3 Procédure d'hybridation
in situ
12.2.4 Analyses des préparations histologiques
12.3 Distribution des sous-unités chez l'adulte
12.3.1 Optimisation de la procédure d'hybridation avec
ODN
s
12.3.2 Distribution des
ARN
ms codant
2-7 et
2-4 dans le cerveau de rat
12.3.3 Diencéphale
12.3.4 Mésencéphale
12.3.5 Rhombencéphale
12.4 Distribution des sous-unités dans le cerveau des souris recombinantes
12.5 Distribution des sous-unités durant le développement embryonnaire
12.6 Discussion
12.6.1 Aspects méthodologiques
12.6.2 Colocalisations
12.6.3 Les
ARN
ms des sous-unités du nAChR dans les noyaux de l'habénula
12.6.4 Les
ARN
ms des sous-unités dans les noyaux catécholaminergiques
12.7 Conclusion
13. Fonction de la sous-unité
6 dans la locomotion induite par la nicotine
13.1 Effets de la nicotine sur la locomotion
13.2 Matériel et méthodes
13.2.1 Production des anticorps
13.2.2
Western-Blot
13.2.3 Oligo-désoxynucléotides utilisés
13.2.4 Préparation des cultures de cellules
13.2.5 Administration des oligonucléotides
in vivo
13.2.6 Étude du comportement locomoteur
13.3 Résultats
13.3.1 Traitements
in vitro
13.3.2 Traitements
in vivo
13.3.3 Comportement locomoteur
14. Conclusion générale
14.1 La phylogénie et la pensée populationnelle
14.2 La structure secondaire, une prédiction réaliste
14.3 La sous-unité
6, une sous-unité du nAChR à part entière
14.4 Spéculations à propos de la diversité des sous-unités
Références
15. Programmes
15.1
COMPACC
15.1.1 Objet du programme
15.1.2 Mode d'utilisation
15.1.3 Entrée
15.1.4 Sortie
15.2
CONSINDEX
15.2.1 Objet du programme
15.2.2 Mode d'utilisation
15.2.3 Entrée
15.2.4 Sortie
15.2.5 Historique
15.3 Densitometria
15.4 Melting
15.4.1 Objet du programme
15.4.2 Algorithme
15.4.3 Mode d'utilisation
15.4.4 Entrée
15.4.5 Sortie
15.4.6 Historique
15.5
SSPCA
16. Liste détaillée des publications
16.1 Analyse de séquence
16.2 Physiologie du nAChR
16.3 Articles de collaboration technique
16.4 Revues
Nicolas Le Novère
1999-06-19