à

• M. KœNIG qui en classe de 1^ère m'a insufflé l'admiration du vivant et la soif d'en savoir plus.
• Grégoire MONIER qui, en m'offrant Le hasard et la nécessité alors qu'il préparait un baccalauréat littéraire, m'a montré qu'un ami ne sert pas qu'à faire la fête et qu'on peut être adolescent et point trop bête.

• 1. Remerciements
• 2. Résumé
• 3. Summary
• 4. Publications principales
• 5. Préambule
• Table des matières
• Liste des figures
• Liste des tableaux
• 6. Abréviations utilisées
• 7. Les récepteurs nicotiniques neuronaux de l'acétylcholine
  • 7.1 Génétique et biologie moléculaire des sous-unités du nAChR
  • 7.2 Structure quaternaire et pharmacologie des nAChRs
  • 7.3 Distribution du nAChR et régulation de l'expression des sous-unités
    • 7.3.1 ARN messager codant pour les sous-unités
    • 7.3.2 Sous-unité protéique
    • 7.3.3 Sites de liaison fonctionnels
    • 7.3.4 Récepteurs identifiés
    • 7.3.5 Régulation de l'expression
  • 7.4 Physiologie des nAChRs
  • 7.5 Implication des nAChRs en comportement et pathologie
  • 7.6 Conclusion
• 8. The Ligand Gated Ion Channel Database
  • 8.1 Les différentes superfamilles de LGIC
  • 8.2 Structure de la banque de données
• 9. Histoire évolutive des sous-unités du nAChR
  • 9.1 Le nAChR dans le règne animal
  • 9.2 Matériel et méthodes
    • 9.2.1 Alignements des séquences
    • 9.2.2 Analyses des séquences
    • 9.2.3 Analyse de la structure des gènes
    • 9.2.4 Détermination des dates de divergence
  • 9.3 Résultats
    • 9.3.1 Analyses de séquences
    • 9.3.2 Évolution de la structure des gènes
    • 9.3.3 Évolution de la stœchiométrie
    • 9.3.4 Arguments pharmacologiques en faveur de la monophylie de la sous-famille des nAChRs neuronaux insensibles à l'-bgt
  • 9.4 Discussion
    • 9.4.1 Hypothétiques gènes manquants
    • 9.4.2 Histoire reconstituée de la famille des sous-unités du nAChR
    • 9.4.3 Diversification de la sous-famille des sous-unités de récepteurs neuronaux hétéro-oligomériques chez les vertébrés, et accroissement de la complexité des systèmes cholinergiques
  • 9.5 Conclusion
  • 9.6 Glossaires des termes de phylogénie employés dans le chapitre
• 10. Structure secondaire de la sous-unité du nAChR
  • 10.1 État des connaissances sur la structure moléculaire des LGIC
    • 10.1.1 Stratégie
  • 10.2 Matériel et méthodes
    • 10.2.1 Alignements utilisés
    • 10.2.2 Prédiction de structure secondaire par consensus
    • 10.2.3 Programmes de prédiction de structure secondaire
      • 10.2.3.1 PHDsec
      • 10.2.3.2 PREDATOR
      • 10.2.3.3 DSC
      • 10.2.3.4 NNSSP
    • 10.2.4 Accessibilité au solvant et topologie
      • 10.2.4.1 PHDacc
      • 10.2.4.2 PHDhtm
    • 10.2.5 Index de conservation
  • 10.3 Résultats
    • 10.3.1 Cohérence des résultats selon les méthodes et selon les séquences utilisées
    • 10.3.2 Prédiction de structure secondaire brute
    • 10.3.3 Prédiction de structure secondaire affinée
    • 10.3.4 Représentation 2D du domaine amino-terminal
    • 10.3.5 Les domaines transmembranaire et cytoplasmique
  • 10.4 Discussion
    • 10.4.1 Contenu en hélice- et brin-
    • 10.4.2 Comparaison avec d'autres prédictions du domaine amino-terminal
    • 10.4.3 Comparaison avec d'autres prédictions des segments transmembranaires
    • 10.4.4 Le site de liaison de l'ACh
    • 10.4.5 Les segments transmembranaires en tant que structure mixte /
    • 10.4.6 Le domaine cytoplasmique et l'oligomérisation
    • 10.4.7 Structure de la protéine pentamérique
  • 10.5 Conclusion
• 11. Théorie et pratique en hybridation in situ et autoradiographie réceptorielle
  • 11.1 La neuro-anatomie chimique
    • 11.1.1 Homogénat versus in situ
    • 11.1.2 Différence entre autoradiographie réceptorielle et hybridation in situ
  • 11.2 Autoradiographie réceptorielle
  • 11.3 Hybridation in situ
    • 11.3.1 Les différentes méthodes
    • 11.3.2 Les oligonucléotides radio-marqués
  • 11.4 Quantification du signal
    • 11.4.1 Les films autoradiographiques : densité optique
    • 11.4.2 Les émulsions photographiques : numération de grains
    • 11.4.3 Les radio-imagers
• 12. Localisation des ARN messagers codant pour les sous-unités des nAChRs dans le système nerveux
  • 12.1 Introduction
  • 12.2 Matériel et méthodes
    • 12.2.1 Synthèse et marquage des oligo-désoxynucléotides
    • 12.2.2 Animaux
    • 12.2.3 Procédure d'hybridation in situ
      • 12.2.3.1 Prélavage commun
      • 12.2.3.2 Premier protocole de lavage
      • 12.2.3.3 Second protocole de lavage
      • 12.2.3.4 Troisième protocole de lavage
      • 12.2.3.5 Post-lavage commun
    • 12.2.4 Analyses des préparations histologiques
  • 12.3 Distribution des sous-unités chez l'adulte
    • 12.3.1 Optimisation de la procédure d'hybridation avec ODNs
    • 12.3.2 Distribution des ARNms codant 2-7 et 2-4 dans le cerveau de rat
    • 12.3.3 Diencéphale
    • 12.3.4 Mésencéphale
    • 12.3.5 Rhombencéphale
  • 12.4 Distribution des sous-unités dans le cerveau des souris recombinantes
  • 12.5 Distribution des sous-unités durant le développement embryonnaire
  • 12.6 Discussion
    • 12.6.1 Aspects méthodologiques
    • 12.6.2 Colocalisations
    • 12.6.3 Les ARNms des sous-unités du nAChR dans les noyaux de l'habénula
    • 12.6.4 Les ARNms des sous-unités dans les noyaux catécholaminergiques
      • 12.6.4.1 Implication de 2
      • 12.6.4.2 4 ne semble pas impliquée
      • 12.6.4.3 6 est plus probablement impliquée que 3
      • 12.6.4.4 Implication de 3
  • 12.7 Conclusion
• 13. Fonction de la sous-unité 6 dans la locomotion induite par la nicotine
  • 13.1 Effets de la nicotine sur la locomotion
  • 13.2 Matériel et méthodes
    • 13.2.1 Production des anticorps
    • 13.2.2 Western-Blot
    • 13.2.3 Oligo-désoxynucléotides utilisés
    • 13.2.4 Préparation des cultures de cellules
    • 13.2.5 Administration des oligonucléotides in vivo
    • 13.2.6 Étude du comportement locomoteur
  • 13.3 Résultats
    • 13.3.1 Traitements in vitro
    • 13.3.2 Traitements in vivo
    • 13.3.3 Comportement locomoteur
      • 13.3.3.1 Courbe dose-réponse de l'effet de la nicotine sur la locomotion du rat en milieu familier
      • 13.3.3.2 Effet de l'inhibition de l'expression d'6 sur la locomotion induite par la nicotine
• 14. Conclusion générale
  • 14.1 La phylogénie et la pensée populationnelle
  • 14.2 La structure secondaire, une prédiction réaliste
  • 14.3 La sous-unité 6, une sous-unité du nAChR à part entière
  • 14.4 Spéculations à propos de la diversité des sous-unités
• Références
• 15. Programmes
  • 15.1 COMPACC
    • 15.1.1 Objet du programme
    • 15.1.2 Mode d'utilisation
    • 15.1.3 Entrée
    • 15.1.4 Sortie
  • 15.2 CONSINDEX
    • 15.2.1 Objet du programme
    • 15.2.2 Mode d'utilisation
    • 15.2.3 Entrée
    • 15.2.4 Sortie
    • 15.2.5 Historique
  • 15.3 Densitometria
  • 15.4 Melting
    • 15.4.1 Objet du programme
    • 15.4.2 Algorithme
    • 15.4.3 Mode d'utilisation
    • 15.4.4 Entrée
    • 15.4.5 Sortie
    • 15.4.6 Historique
  • 15.5 SSPCA
• 16. Liste détaillée des publications
  • 16.1 Analyse de séquence
  • 16.2 Physiologie du nAChR
  • 16.3 Articles de collaboration technique
  • 16.4 Revues
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